医院风湿免疫科学、神经外科学、普外科学、骨外科学、肿瘤学、消化内科学、肿瘤外科学、感染病学、心血管内科学、神经内科学、呼吸内科学、妇产科学、儿科学等分别为省级重点学科和省级重点扶持学科、温州医学院重点扶持学科、市级重点学科，承担着全市疑难杂症诊治和危重病人的抢救。医院设有脑系中心、微创中心、介入治疗中心、基因诊断中心、器官移植中心、生殖辅助中心、糖尿病防治中心、骨关节病防治中心、整形美容中心、睡眠障碍诊疗中心、眼视光配镜中心。 医院正在参与科技部十一五科技支撑课题《难治性急性白血病围化疗期中医干预治疗方案临床应用研究》、科技部十一五科技支撑分中心课题《血小板减少症中药难治性血干预临床研究》、国家十一五重大支撑项目《淀粉酶样脑出血》等国家级课题的研究，从事浙江省科技厅《纤维蛋白胶包埋顺铂在临床的应用》、《乌司他丁对肢体缺血再灌注致远隔器官损伤的保护作用》等省厅级课题20余项，《提高肺癌诊断率的相对无创检测方法研究》、《幽门螺旋杆菌与特发性血小板减少性紫癜关系的前瞻性研究》等市级课题40余项，《全髋置换术后股骨近端应力遮挡因素研究》、《浙江畲药民间用药特点研究》等温州医学院课题20余项的研究。

医院每年有几十项新技术应用于临床。辅助生殖技术，冠状动脉支架植入术，各种永久型心脏起搏器植入术、心律失常射频消融根治术，80多种普外科、妇产科、泌尿外科、胸心外科等腔镜微创手术，70多种心脏、颅脑、肝脏、血管等介入治疗术，先天性、风湿性心脏病手术，心脑血管疾病、骨关节病、风湿病、糖尿病等防治技术在全市处于全面领先水平，部分达国内先进。开展肝、肾等大器官移植手术近200例。